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溫室型高通量植物表型成像系統(tǒng)——PhenoAIxpert HT
日期:2022-03-07 15:10:18

溫室型高通量植物表型成像系統(tǒng)——PhenoAIxpert HT 是一套可以全自動、高通量對大量植株(從幼苗到成熟植株均可)進行成像的系統(tǒng),可以選擇配置可見光(VIS)成像、近紅外(NIR)成像、紅外(IR)成像、PSII 熒光成像、自發(fā)熒光成像、根系可見光成像、激光3D 掃描和高光譜成像等成像模塊,對植株進行表型分析。

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植物表型成像模塊

l 可見光(VIS)成像模塊配有獨立的成像暗室,成像暗室內分別設有頂部可見光成像單元和側面可見光成像單元?;ㄅ璧鬃行D裝置,可以 360 度旋轉,旋轉角度可通過軟件設置,獲取多個面的可見光表型參數。

l 葉綠素熒光成像模塊配有獨立的成像暗室,成像暗室內分別設有頂部或側面葉綠素熒光成像單元。葉綠素熒光成像模塊配備暗適應 / 光適應通道,用于測量葉綠素熒光時對植物的暗適應和光誘導處理。葉綠素熒光成像模塊配備多種濾光鏡,實現多光譜熒光的測量功能。花盆底座有旋轉裝置,可以 360 度旋轉,旋轉角度可通過軟件設置,獲取多個面的葉綠素熒光表型參數。

l 紅外(IR)成像模塊為單獨頂部或單獨側面成像單元,如有必要,可配置頂部加側面雙成像單元,一般設在靠近栽培區(qū)的位置,且不配備成像暗室。當植物從栽培區(qū)域傳送到成像區(qū)域時,第一時間可以獲取葉片溫度等參數,極大地降低了由于在成像區(qū)域傳送時所造成的葉片溫度的變化所引起的誤差。如系統(tǒng)未配備栽培區(qū)傳送系統(tǒng),紅外成像模塊將被安裝在成像暗室中。

l 近紅外(NIR)成像模塊配備獨立暗室,具有頂部和側面兩個成像單元,成像單元配備自帶降溫系統(tǒng),確保設備處于合適的操作環(huán)境中。通過近紅外成像模塊可獲取植物水分分布數據,與紅外成像模塊數據對應可反映植物干旱情況,特別適合于植物干旱脅迫研究。

l 激光 3D 成像模塊是通過對植物進行 3D 掃描,獲取植物點云信息,重建植物 3D 構型。LemnaTec 可將激光 3D 成像單元安裝在自動機械臂上,從而能夠圍繞植物進行 3D 掃描,獲取更精確的點云信息,使重建的 3D 構型更加精確。

l 高光譜成像模塊提供 400-1700nm 的光譜成像,可以獲取植物內在物質的信息。高光譜成像模塊被安裝在自動機械臂上,可圍繞植物進行精確的高光譜成像,同時配備穩(wěn)定的鹵素光源,使高光譜成像數據更加精確。

l 自發(fā)熒光成像模塊可測量植物的自發(fā)熒光,用于植物衰老等研究。

l 根系可見光成像系統(tǒng)可以通過特殊角度的根盒,土壤原位培養(yǎng)植物,通過可見光成像系統(tǒng)拍攝根系圖像并進行分析。這也是德國 LemnaTec 專門為IPK 設計的根系測量系統(tǒng)。

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自動傳送系統(tǒng)

自動傳送系統(tǒng)可將盆栽從栽培區(qū)傳送至各個成像模塊,成像完成后運送回栽培區(qū)?;跍y量樣品(包括花盆、培養(yǎng)基質和植物)的重量不同,可配置帶式傳送系統(tǒng)和鏈式傳送系統(tǒng)。傳送系統(tǒng)通量根據需求和溫室大小而定,傳送系統(tǒng)承重 8-30kg 可選。當樣品由傳送系統(tǒng)在栽培區(qū)傳和成像區(qū)進行傳送時,兩個區(qū)域之間的氣動推拉門會自動打開,等樣品通過后自動關閉,確保兩個區(qū)域的溫度變化很小,互不干擾。自動傳送系統(tǒng)為模塊化設計,如有需求,后期可增加傳送通量。


所有傳送車上都有電子標簽,當傳送車通過加載區(qū)域(Loading area)時,系統(tǒng)會自動讀取電子標簽,所有成像數據根據電子標簽歸檔并存入本地數據庫。


自動澆水和稱重裝置

在溫室型高通量植物表型系統(tǒng)中,一般配備自動澆水和稱重裝置。通過軟件設置,可定時定量地對樣品進行澆水和稱重,且澆水量可精確控制。對于一些脅迫實驗,例如干旱脅迫實驗,精確地控制澆水量和精確地稱重尤為重要。


服務器存儲

由于植物表型數據量非常大,本系統(tǒng)配備服務器存儲數據。所有測量的表型數據均儲存在本地服務器上,數據安全,儲存環(huán)境穩(wěn)定。用戶分析數據時,系統(tǒng)自動從服務器調用源數據,分析結果同樣儲存在本地服務器,安全穩(wěn)定。


軟件分析

LemnaTec 提供一套完備的軟件組用于控制硬件系統(tǒng)、獲取圖像數據、儲存數據和分析數據,不同的功能由軟件組中不同的軟件來

實現。LemnaControl 用于控制整個硬件系統(tǒng),例如樣品傳送、成像單元設置、成像暗房光源設置、獲取圖片、自動澆水稱重等;

LemnaBase 提供數據庫基礎設施,用于存儲和訪問圖像;LemnaGrid 是綜合性的圖像分析工具箱;它可以建立不同算法的連接,

形成圖像處理直觀圖形化;LemnaMiner 進行基本數據分析,并具有所有標準格式的全面導出功能。


遠程管理

通過專用遠程服務器管理軟件,可以在異地對本系統(tǒng)的運轉狀況進行監(jiān)測、改變測量程序或分析測量數據。


主要功能

l 可全自動、高通量對植物樣品進行可見光(VIS)成像、近紅外(NIR)成像、紅外(IR)成像、PSII 熒光成像、自發(fā)熒光成像、根系可見光成像、激光 3D 掃描和高光譜成像等

l 可見光成像可以測量植物的結構、寬度、密度、對稱性、葉長、葉寬、葉面積、葉角度、葉顏色、葉病斑分析等多個參數

l 葉綠素熒光成像可以分析植物的生理狀態(tài),例如 Fo、Fm、Fi、Fm’、Fi’、Fs’、Fo、Fm、Fv/ Fm、?Ro=(Fm-Fi)/Fm、 ?PSII=?、Pt=Fq’ /Fm’ =(Fm’ -Fs’ )/Fm’、 ETR 、 NPQ 等參數,此外葉綠素熒光成像單元標配搭載濾光輪,可實現多光譜熒光成像,獲取RAnth、RChl.、 RNIR、 RRed、 RGreen、 RBlue 等數據

l 紅外成像可以測量植物葉片表面溫度,進行植物干旱脅迫研究、蒸騰研究等

l 近紅外成像可測量植物水分分布,用于研究植物水分分布,適合干旱脅迫研究等

l 高光譜成像可以比較植物體內特殊物質的變化,例如葉黃素、葉綠素等色素的反射峰值、葉片組織構造如海綿組織的反射率、葉片的含水量、葉片生化組分、主要植被指數(NDVI、RVI、GVI 等)

l 3D 激光成像可獲取植物 3D 點云數據,用于對植物體的三維重構,以更精確地研究植物株型變化

l 自發(fā)熒光成像模塊可測量植物自發(fā)熒光,用于衰老實驗的測量

l 根系可見光成像可研究根系的不同參數


代表文獻

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l D. Marko; N. Briglia; S. Summerer; A. Petrozza; F. Cellini; R. Iannacone (2017) High-Throughput Phenotyping in Plant Stress Response: Methods and Potential Applications to Polyamine Field. Polyamines

l Velumani, K.; Oude Elberink, S.; Yang, M. Y.; BARET, F. (2017) Wheat Ear Detection in Plots by Segmenting Mobile Laser Scanner Data. ISPRS Ann. Photogramm. Remote Sens. Spatial Inf. Sci.

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l Srinivasan Vijayarangan, Paloma Sodhi, Prathamesh Kini, James Bourne, Simon Du, Hanqi Sun, Barnabas Poczos, Dimitrios Apostolopoulos, and David Wettergreen (2017) High-throughput Robotic Phenotyping of Energy Sorghum Crops. Field and Service Robotics.

l Coneva, Viktoriya; Frank, Margaret H.; Balaguer, Maria A. de Luis; Li, Mao; Sozzani, Rosangela; Chitwood, Daniel H. (2017) Genetic Architecture and Molecular Networks Underlying Leaf Thickness in Desert-Adapted Tomato Solanum pennellii. Plant Physiology


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